El Dr.  Andrés Duque completó sus estudios de Pregrado en la Universidad CES en 1992, donde recibió el título de Odontólogo. 

Posteriormente estudio Periodoncia en la Universidad Javeriana de Bogotá, donde se graduó en 1996. Realizó un entrenamiento en Implantes en la Universidad de Loma Linda en California, Estados Unidos.  Comenzó su práctica privada en Medellín en 1997 con dedicación exclusiva en Periodoncia e Implantes.  En 1997 se vinculó a la Universidad de Antioquia como docente y  en el 2000 se vinculó a la Universidad CES donde se desempeña hasta la fecha  como director del Postgrado de Periodoncia. Actualmente lidera una línea de Investigación en Periodoncia del grupo de investigación clínico y básico en Odontología el cual actualmente  está escalafonado en Colciencias.

Está vinculado desde 1995 a la Asociación Colombiana de Periodoncia y Oseointegración y desde el año 1999 es miembro Activo. Además ha ocupado cargos directivos como presidente regional Antioquia y en la actualidad es Vicepresidente Nacional.

Desde el año 1998 se desempeña como asesor científico de Colgate para la región Andina Colombia, Ecuador, Perú y Bolivia) y es el encargado en Colombia del comité de Educación de la Asociación Iberoamericana de Periodoncia.

El Doctor Duque realizó  estudios  de Maestría en Epidemiología con  énfasis en Investigación y en la toma de decisiones clínicas basadas en la evidencia en Periodoncia e Implantes.Desde el 2005 coordina el Diplomado de Odontología basada en la Evidencia en la Universidad CES. EL Dr. Duque es conferencista Nacional e Internacional en temas de Periodoncia, su Diagnóstico y Tratamiento, Cirugía Plástica Periodontal  Estética y diseño de sonrisa e Implantes Orales.